Creada en el año 1974, cuenta con más de 53 mil registros, entre libros, documentos, publicaciones periódicas, obras de referencia, entre otros, de la disciplina de ciencias sociales. La Biblioteca del CBC está especializada en temas vinculados a la cultura andina, historia, antropología, sociología, demografía, desarrollo rural, turismo, lingüística, geografía, medioambiente, desarrollo sostenible, arte, filosofía, interculturalidad, agua, conflictos sociales, gobernabilidad y muchas otras áreas temáticas del conocimiento. Este registro bibliográfico, la han convertido en “la colección bibliográfica más importante de la región”, siendo fuente de consulta permanente de estudiantes, tesistas e investigadores nacionales y extranjeros. Adicionalmente la biblioteca del CBC cuenta con valiosas colecciones particulares, entre ellas la biblioteca del historiador Tom Zuidema, el fondo bibliográfico de Moisés Tello y Ramiro Samaniego.