En este documento se evalúa el nivel de eficiencia de las municipalidades de la región del Cusco en el 2013 y 2015 utilizando una técnica no paramétrica para la estimación de la frontera de producción llamada Free Disposal Hull (FDH). Para ello, se trabajó en base a cinco actividades representativas directamente relacionadas a los objetivos estratégicos del nivel local, regional y nacional. Los resultados muestran que la evolución de la eficiencia en la prestación de los servicios de las municipalidades distritales y provinciales en el periodo 2013 y 2015 ha sido heterogénea. En General, se observa que si las municipalidades distritales ineficientes hubieran alcanzado el nivel de eficiencia de las que se ubican en la frontera, el 2013 hubieran ahorrado el 32% y en el 2015 el 35% de su presupuesto total ejecutado en las cinco actividades, cumpliendo con la misma provisión de bienes y servicios; si las municipalidades provinciales ineficientes hubieran alcanzado el nivel de eficiencia de las que se ubican en la frontera, hubieran ahorrado el 34% y 35% de su presupuesto total ejecutado en el 2013 y 2015, respectivamente.