En este trabajo se ha desarrollado un análisis de descomposiciones para cuantificar la relevancia de algunos factores que determinarían las brechas educativas entre las poblaciones indígenas amazónicas en el Perú en un contexto de Educación Intercultural Bilingüe (EIB), el análisis se concentró en brechas en el rendimiento académico, a través de la tasa de desaprobación con base en Censos Escolares 2007 y 2010. Los resultados indican que las tasas de desaprobación son mayores cuando las escuelas son rurales y además cuando éstas atienden predominantemente a alumnos de origen indígena amazónico. Estas brechas se explican, principalmente, por barreras geográficas y de acceso, diferencias en la disponibilidad de recursos pedagógicos y por la deficiente implementación operativa de la EIB. Adicionalmente, los resultados sugieren la existencia de procesos de discriminación dentro del sistema educativo peruano contra las escuelas rurales que atienden a alumnos de origen indígena amazónico, lo cual limita la posibilidad de acumulación de capital humano de las poblaciones indígenas amazónicas en el Perú.